エイリアスはったりしてディレクトリ構造が変化しているので、
public_htmlディレクトリの中にあるconfig.inc.phpを設定しないといけません。
define('OPENPNE_DIR', realpath('../'));
となっているところがあるので、realpathのあとの'../'を書き換えます。
今回は相対パスで'../../OpenPNE/'と設定してみました。
さて、これで設定漏れは無いと思うのでアップロードしてしまいましょう。
(本当はセキュリティ的に弄った方がいいところはあるんですが)
アップロードは二段階で行います。
まずは初回に作ったsnsというディレクトリの中に
(絶対パスだと/home/username/www/sns/)、
public_htmlディレクトリの*中身だけ*をアップロードします。
ディレクトリごと放り込むと動かないので注意です。
この時、phpファイルのパーミッションが755になっているか確認しておきましょう。
今はまだ10ファイルもありませんが、次の作業では数百ファイルになります。
とても手動でなんてやってられないので自動の設定を確実にしましょう。

さて、自動の設定ができているとわかったら、次のアップロード作業に移ります。
今度は、wwwより一つ上のディレクトリ(絶対パスだと/home/username/)に、
OpenPNEというディレクトリを作ります。config.inc.phpで設定したあれです。
ディレクトリを作ったら、public_html以外を全部そこに放り込みます。
マニュアルに従って、ディレクトリのパーミッションを変更しておきます。
全体のディレクトリ構造はこんな感じになります。
([777]ってついてるのはディレクトリ名じゃなくてパーミッションを777に
変更しろと言うことです……って言わなくても分かりますよね)
home
└username
├OpenPNE
│├bin
│├lib
│├var
││├img_cache [777]
│││├gif [777]
│││├jpg [777]
│││└png [777]
││├log [777]
││├magpie_cache [777]
││├templates_c [777]
││└tmp [777]
│├webapp
│└webapp_ext
│
└www
└sns
├ config.inc.php
├ index.php
...
そうそう、binディレクトリの中にあるcronファイルのパーミッションも
755になっているかどうか確認しておきましょう。
これを忘れるとお知らせメールとかが飛ばなくなります。
さて、アップロードが一通り終わったところで一区切り。
稼動まではもうちょっとです。